Dentro de la trama de Junjou Romantica se nos presentan tres parejas: la Romantica, la Egoísta y la Terrorista. La primera pareja, la Romantica, es la pareja principal o protagonista y trata de la relación entre el famoso novelista (también escritor de BL o Boys Love) Usami Akihiko y el hermano menor de Takahashi Takahiro, su gran amigo de preparatoria y ex amor no correspondido, Takahashi Misaki. A petición del hermano de Misaki, Akihiko se hace el tutor de este para ayudarlo a entrar a la Universidad Mitsuhashi. Después de una primera mala impresión y un cruce de palabras ambos empiezan a mejorar su relación que cambia de profesor-alumno a amantes.

La segunda pareja, la Egoísta, es formada por el amigo de infancia de Akihiko, Kamijou Hiroki. Este personaje estaba enamorado del escritor desde que eran pequeños a pesar de ser un amor no correspondido. Luego de casi romper la amistad que tenía con él, conoce a Kusama Nowaki, un huérfano y trabajador incansable que, con mucho esfuerzo, logra meterse en la vida de Hiroki al pedirle a este que sea su tutor.

La tercera y última pareja que aparece en el anime es la Terrorista. Esta pareja es formada por Miyagi You y Takatsuki Shinobu. Después de 3 años de haberse divorciado, es acosado por el joven de 18 años, Takatsuki Shinobu, el hijo de su jefe y hermano de su ex esposa. Este muchacho le insiste que tiene que responsabilizarse por haberlo enamorado tras haber sido salvado de unos delincuentes por Miyagi, pero él se niega a aceptar sus sentimientos ya que le dobla la edad y es hombre.

Existen otros dos tomos de Junjou Romantica:

Junjou Minimun que trata de la amistad que existe entre Usami Akihiko y Kamijou Hiroki, principalmente de cómo Hiroki se enamora de Akihiko. Estas escenas también tienen lugar en unos pocos épisodios del anime.

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